Le capitaine Némo est un personnage directement tiré du roman de Jules Vernes. C'est un personnage assez fermé et il est difficile à cerné. Au début, on pense qu'il en veut à la Terre entière mais en fait, il ne vit que pour empecher Argon et son organisation de créer la Nouvelle Atlantide et ainsi dominer le monde.

Il est donc quelqu'un de fermé et peut paraitre froid mais il cache un lourd passé: 13 ans plus tot, il était le roi de la citée de Tartessos mais une organisation de rebelles (dirigée par Argon) voulue utiliser la tour de Babel pour dominer le monde. Afin d'éviter le pire, Némo retira le systeme de controle de la tour et celle-ci explosa et detruisie la citée pour ne laisser que quelques survivants. Le capitaine a donc enormement de morts sur la conscience et c'est pour cela qu'il n'a plus qu'un but: détruire Argon et son organisation Néo-Atlantis. Pourtant, à plusieurs occasions où il aurait pu en finir avec son ennemi, il préfère ne rien tenter. Pourquoi? Tout simplement pour protéger la vie de sa fille Nadia.